המהפכה הצרפתית בשנת 1789 שינתה את מעמד היהודים מקצה אל קצה. יהודי צרפת שמנו אז כ-40,000 איש זכו לשוויון זכויות מלא והוכרו כאזרחיה של הרפובליקה החדשה. ביטול הסמכויות של אנשי כמורה והוצאתם להורג של מסיתים דתיים תרמו אף הם לירידת האנטישמיות. בתחילה טענו ראשי המהפכה כי היהודים הם "אומה בתוך אומה", ואשר על כן אין להתחשב בהם כאזרחים שווי זכויות, אך בשנת 1791 יצא חוק שהעניק שוויון זכויות מוחלט ליהודים – האמנציפציה. לאחר שזכו לשוויון זכויות מלא חלה פריחה וצמיחה בקרב יהדות צרפת, יהודים השתלבו בבירוקרטיה, בצבא, בספרות, באקדמיה ובעיתונות.
בתחילת המאה ה-19 תחת שלטונו של נפוליאון הועלתה שוב שאלת מעמדם של היהודים. נפוליאון כינס אסיפה שנקראה "אסיפת נכבדי היהודים". באסיפה נשאלו המשתתפים 12 שאלות שבחנו את יחסם של היהודים לאומה הצרפתית, ובדקו האם האמונה הדתית סותרת את החוק הצרפתי. הנכבדים השיבו לשאלותיו של נפוליאון תשובות שהניחו את דעתו אך עם זאת הוא בחר לחוקק את "הפקודה המחפירה" שהטילה עליהם הגבלות וצמצמה את זכויות החירות והשוויון שהוענקו להם ב-1791. בפקודה נקבע כי יהודי הרוצה לעסוק במסחר נדרש להוציא רישיון שתוקפו שנה בלבד. כמו כן נקבע בפקודה כי היהודים חייבים לשרת בעצמם בצבא ואינם רשאים לשלוח מחליף במקומם, כפי שהיה נהוג עד אז. גם מקומות המגורים של היהודים הוגבלו. תוקפה של הפקודה נקבע לעשר שנים.
בשנת 1860 הוקם בצרפת הארגון היהודי העולמי הראשון "כל ישראל חברים". באותה תקופה החלו לגבור בצרפת מגמות לאומניות, אליהן נלוותה אנטישמיות הולכת וגוברת בשורות הימין הקתולי.
