באמצע המאה ה-16 החלה הרפורמציה הפרוטסטנטית. הכנסייה הקתולית חשה איום וחלק מתגובות הנגד שלה הופנו כלפי היהודים. האפיפיור פאולוס הרביעי פרסם מכתב רשמי לפיו היהודים צריכים לגור בנפרד מהנוצרים. גזירה זאת הביאה להקמת גטו רומא. האפיפיור הבא, פיוס הרביעי, אכף הקמת גטאות באזורים נוספים באיטליה ובהמשך גזר על גירוש כל היהודים ממדינת האפיפיור למעט מאנקונה ומרומא. הגירוש היה בתוקף עד לכיבושי נפוליאון.
למרות הגירושים וההסתגרות בגטאות, בין המאות ה-16 וה-18 נחשבה איטליה למרכז רוחני, נדפסו בה ספרים וחוברו בה חיבורים, יהדות איטליה העמידה רבנים בעלי שם והשפעה כמו שד"ל והרמח"ל.
מסוף המאה ה-18 עד סוף המאה ה-19 היגרו רבים מיהודי איטליה ללוב שהייתה בתקופה של פריחה ושגשוג כלכלי. עד היום שמות משפחה רבים בקרב יהודי לוב כמו: רומאנו, בוארון, ונטורה, תמם ועוד, מעידים על מוצאם האיטלקי.
בשנת 1796 השלים נפוליאון את כיבוש צפון איטליה ותחת כיבושו בוטלו החוקים המיוחדים הנוגעים ליהודים. למרות זאת רק בשנת 1870 עם איחוד איטליה קיבלו כל יהודי איטליה שוויון זכויות. היהודים התערו והשתלבו במדינה החדשה באופן יוצא דופן, בשנת 1871 היו כבר 11 חברי פרלמנט יהודים באיטליה, בשנים לאחר מכן היו ראשי עיר וראשי ממשלה יהודים. היהודים חינכו את ילדיהם לרוב בבתי ספר ממלכתיים לאהבת המולדת האיטלקית ולכיבוד חוקי המדינה.
בשנת 1922 עלה לשלטון בניטו מוסוליני. בשנים הראשונות לשלטון הפשיסטי עדיין זכו היהודים לחופש מלא ולשוויון זכויות. השלטון האיטלקי אפילו ראה בעין יפה את הציונות ומוסוליני גינה בפומבי גזענות ואנטישמיות.
עם עלייתו של היטלר לשלטון בשנת 1933 החל מוסליני לנקוט בצעדים אנטי-יהודים לא רשמיים ובשנת 1938 פורסמו חוקי הגזע. למרות ההגבלות והחוקים באותה עת כמעט ולא הייתה פגיעה פיזית רחבת היקף ביהודים. בתחילה סירב מוסוליני לגרש את אזרחיו היהודים בין היתר על מנת להפגין את עצמאותו כלפי גרמניה. בשנת 1943 נכנעה איטליה בפני בעלות הברית ובעקבות כך פלשה גרמניה לאיטליה ולאחר שבועות אחדים חולקה איטליה לאזור בשליטה גרמנית בצפונה ובמרכזה, בעוד בעלות הברית החזיקו בשאר שטחי המדינה. בשטחי הכיבוש הגרמני הוקמה ממשלת בובות איטלקית והחלו לבצע את הפתרון הסופי ומבין 44,500 יהודים שחיו באיטליה לפני מלחמת העולם השנייה, לפחות 7,682 נספו בשואה.
כיום יש באיטליה 21 קהילות יהודיות וכ-35,000 יהודים. הקהילות מאוגדות תחת ארגון הגג "איגוד הקהילות היהודיות של איטליה" שמייצג אותם מול הממשלה. ברחבי איטליה ניתן למצוא אתרים רבים למורשת יהודית וביניהם; מוזיאונים, בתי-כנסת, שכונות יהודיות עתיקות, אתרים ארכיאולוגיים ועוד.
בישראל ישנם כ-10,000 יוצאי איטליה מתוכם 3,000 חברים בארגון יוצאי איטליה, ישנם שני בתי כנסת איטלקיים ומוזיאון ליהדות איטליה בירושלים.
