במאתיים השנים הבאות גורשו והוחזרו היהודים פעמים רבות מצרפת. בשנת 1306 היה הגירוש הגדול מכולם, פיליפ ה-4 פרסם צו האוסר על היהודים להתגורר בשטח צרפת. כעבור 11 שנה החזיר בנו, לואי העשירי, את היהודים תחת הגבלות: לבישת טלאי זיהוי ואיסור תביעת רכוש או ממון שהיה שייך להם לפני גירושם. היהודים ששבו לצרפת סבלו מרדיפות, הגבלות על משלח היד, פוגרומים וחטיפות ילדים. בשנת 1348 בוצע טבח המוני ביהודים, לאחר שהם הואשמו בהפצת מגפת המוות השחור. הגירוש האחרון של יהודים מצרפת היה בשנת 1394 כאשר שארל השישי הוציא צו לגירושם המוחלט של היהודים מכל הנחלות שלו. ב 1498 כבר לא נותרו כמעט יהודים על אדמות צרפת כולל במחוזות העצמאיים, רק באבניון וסביבתה במחוזות שהיו תחת שליטת האפיפיור הורשו היהודים להישאר.
כאשר מתייחסים ליהודי צרפת יש לייחד תשומת לב מיוחדת ליהדות פרובאנס. בימי הביניים החלק הדרומי של מה שאנחנו מגדירים כיום צרפת נקרא פרובנס. פרובנס הייתה מדינה נפרדת לחלוטין פוליטית, תרבותית ולשונית. יהודי פרובנס סבלו מרדיפות קשות, אך בניגוד ליהודי צרפת הם לא גורשו עד לסוף המאה ה-15. היהודים בפרובנס דיברו פרובנסלית יהודית שהייתה מושפעת מצרפתית ומספרדית. יהדות פרובנס הייתה מושפעת הן מצרפת והן מספרד גם במנהגים ונוסח התפילה. בפרובנס התקיימה יצירה יהודית מקורית ונוצרה שם הגות, פרשנות מקרא, ספרות פילוסופיה וקבלה. בין היוצרים שזכו לשם הכולל "חכמי פרובנס" נמנו: הרד"ק, רלב"ג, המאירי, רבי יונתן הכהן מלוניל, רבנו זרחיה הלוי (בעל המאור), הראב"ד, בנו רבי יצחק סגי נהור ועוד רבים אחרים. יהדות פרובנס כמושג תרבותי באה אל סופה בשנת 1481, כשמלך צרפת, לואי ה-11, סיפח את פרובנס עם צרפת.
בתקופת הרנסאנס השתפר מצבם של היהודים בצרפת. החילון וירידת מרכזיותה של הדת סייעו ליהודים להשתלב בתחומים ומקצועות שהיו חסומים בפניהם עד אז. בתקופה שבין הרנסאנס ועד למהפכה הצרפתית צמחו בצרפת אנשי רוח, סופרים, מוזיקאים ומשכילים יהודים.
