בתקופת מלחמת העולם השנייה, תחת משטר וישי, הורע מצב היהודים. יהודים שוב לא הורשו לגור מחוץ למלאח, תלמידים יהודים גורשו מבתי הספר ועובדי ממשלה יהודים פוטרו. יהדות מרוקו נפגעה פחות מאלימות ביחס לאזורים אחרים של שלטון וישי. עם זאת, לאחר שחרור קזבלנקה בידי האמריקאים נערך פוגרום ביהודי העיר בעידוד פקידים צרפתיים אנטישמיים.
בשנת 1948 הקהילה היהודית מנתה כ-265,000 בני אדם. הקמת מדינת ישראל עוררה התרגשות רבה בקרב יהודי מרוקו. בעקבות מלחמת העצמאות החלו פרעות ביהודי מרוקו, ורבים נמלטו למדינת ישראל ולצרפת וספרד השכנות מעבר לים. בין השנים 1956-1948 עלו לישראל כ-85,000 יהודים.
בין השנים 1956–1961 עלו לישראל ממרוקו 30,000 יהודים, בתקופה זו נאסר על היהודים לעזוב את מרוקו והעלייה התבצעה באמצעות הברחת היהודים ממרוקו בספינות מעפילים. ב1960 אוניית המעפילים "אגוז" טבעה כשעל סיפונה 44 יהודים שניסו לעלות לארץ, מחציתם ילדים.
בין השנים 1961 עד 1967 עלו לישראל ממרוקו 120,000 יהודים כחלק ממבצע יכין. המספר הכולל של יהודים שעלו ממרוקו, מקום המדינה עד שנת 2000, הוא 248,900 איש. כיום יהודי מרוקו הנותרים מונים כמה אלפים.
