ההיסטוריה הרשמית של יהודי רוסיה מתחילה בסוף המאה ה-18 כיוון שעד לשנת 1772 אסרה האימפריה הרוסית על יהודים להתגורר בשטחה. בסוף המאה ה-18 חולקה פולין בין אוסטריה רוסיה ופרוסיה. רוסיה סיפחה לשטחה חלקים מפולין וירשה עמם אוכלוסייה יהודית גדולה. מאות אלפי יהודים הפכו לתושבי רוסיה והמרכז היהודי הגדול ביותר באירופה באותה עת עבר להיות תחת ריבונות רוסית. הרוסים הטילו על הנתינים החדשים הלא רצויים צווים ומגבלות קשות. הבולטת שבהן כללה מגורים באיזור מוגבל ומוגדר בגבולות הקיסרות הרוסית, שנקרא: "תחום המושב". צווים ותקנות אסרו על היהודים המקומיים להגר לתוך שטחי רוסיה הישנה. גבולות האזור השתנו מתקופה לתקופה בהתאם למדיניות של כל צאר. גם בתוך גבולות תחום המושב הוטלו מעת לעת הגבלות על ישיבת יהודים, כגון: איסור להתגורר בכפרים אלא אם כן עסקו בחקלאות או איסור להתגורר בערים מסוימות. בהשפעת הנאורות ניסתה הצארית יקטרינה הגדולה להנהיג רפורמות שיובילו לשוויון בין כל הנתינים והיהודים קיבלו לראשונה במזרח אירופה את הזכות לבחור נציגים ולהיבחר לעירייה. זכות זאת צמצמה את האוטונומיה הפנימית ואת ההצדקה לקיום מוסדות הקהילה.
בשנת 1801 עלה לשלטון הצאר אלכסנדר הראשון. הצאר הקים את "הוועדה לשיפור מצבם של היהודים" שדנה באופן בו ניתן "לתקן" את היהודים כך שישתלבו בחיי המדינה. מסקנות הוועדה הובילו לפרסום "תקנת 1804" שכונתה גם "תקנת היהודים". התקנה שכללה 54 פסקאות הייתה נגועה בהנחות אנטי יהודיות. למשל, היהודים הוגדרו נטע זר שגורם לבעיות כלכליות וחברתיות. חלק מהתקנות צמצמו את זכויותיהם של היהודים שעדיין הוגבלו בתחום המושב ונאסרה יציאתם ממנו. כמו כן, נגזר עליהם לעקור מן הכפרים ולחדול מעיסוק בחכירה ובהפעלת בתי מרזח, מקצועות שהיו מקובלים בקרב היהודים. עם זאת חלק מהתקנות היטיבו עם היהודים, תחום המושב הורחב, הותר להם להתיישב בשטחים חקלאיים, הם הורשו ללמוד בבתי ספר כלליים ולהקים בתי ספר משלהם, הם הורשו להצטרף לגילדות מקצועיות והובטחו להם הלוואות במקרה שירצו להקים בתי מלאכה.
כ־6000 משפחות יהודיות של סוחרים זעירים הועברו להתיישבות חקלאית באוקראינה שנכבשה מידי הטורקים. לחלק מהמושבות ניתנו גם שמות עבריים, כגון שדה מנוחה ונהר טוב.
גזירת הקנטוניסטים
בשנת 1827 החל הצבא הרוסי לגייס יהודים לשורותיו. הצאר ניקולאי הראשון הוציא צו שנקרא "גזירת הקנטוניסטים" לפיו על כל קהילה יהודית לספק מכסה מסוימת של צעירים בני 12–25 לצבא הרוסי לתקופה של 25 שנה בתנאים קשים ביותר ובלי יכולת לשמור על דתם. הצו ביטל את האפשרות שהיתה לשלם דמי פדיון עבור חייל במקום להתגייס לצבא. הצו כלל גם הנחיות לחטיפה של ילדים מבתיהם כאשר הקהילה לא עמדה במכסה הדרושה. הילדים נשלחו ליישובים מרוחקים, שם נמסרו לחינוך מחדש בבתי איכרים גויים עד שהגיעו לגיל צבא. הגזירה עוררה דיונים הלכתיים ומוסריים שונים, היא אילצה את הקהילה להכריע שוב ושוב אילו ילדים ישלחו לגורל המר, היא פילגה את הקהילה והדגישה את הפערים החברתיים והכלכליים בה.
הצאר ניקולאי הראשון גם קבע חוקים מיוחדים שמטרתם הייתה להשפיע על היהודים להמיר את דתם: הגבלת אופן הלבוש של היהודים וסיווג בין "יהודים מועילים" ל"יהודים שאינם מועילים", הטלת מכס גבוה על ספרים בעברית ויידיש וביטול מוסד "הקהל" .
בשנת 1855 מת הצאר ניקולאי הראשון ובמקומו עלה לשלטון הצאר ניקולאי השני מה שהביא לשיפור ניכר בחייהם של היהודים. גזירת הקנטוניסטים בוטלה. הותר לסוחרים, אקדמאים, בעלי מלאכה ויוצאי צבא יהודים להתיישב מחוץ לתחום המושב והיהודים החלו להתיישב בערים הגדולות, במיוחד במוסקבה ובסנט פטרבורג. בערים אלו נוצרו קהילות חדשות שהיו שונות מהקהילות הוותיקות בתחום המושב. היהודים היו מעורים יותר בחברת הגויים, למדו באוניברסיטאות ובתי ספר כללים שם ספגו את רוח ההשכלה הרוסית והקפידו פחות על קיום מצוות. תחת שלטונו של ניקולאי השני עיסוקי היהודים עוברים שינוי מהפכני – היהודים נכנסים למעגל הייצור, נוצרה שכבה דקה של עשירים יהודים, הנוטלים חלק חשוב בתיעושה המהיר של רוסיה. האווירה הליברלית הצמיחה שפע של עיתונים יהודים, ביניהם: "המליץ", "המגיד" ו"הכרמל. מאמצע המאה ה-19 הופכת העיר אודסה למרכז של ספרות והשכלה יהודים. בין האישים שחיו ופעלו באודסה באותה תקופה היו: פרץ סמולנסקין, חיים נחמן ביאליק, אחד העם, מנדלי מוכר ספרים ועוד.
מאבקם של מסורבי העלייה
באפריל 1881 החלה שרשרת פוגרומים ביהודי רוסיה שנמשכו לסירוגין על לשנת 1884 וכונו "סופות בנגב" . העילה לכאורה לפוגרומים הייתה רצח הצאר אלכסנדר השני בראשון במרס 1881. העיתונות האנטישמית רמזה בבירור כי הוא נרצח על-ידי היהודים. תחילת המאה ה-20 הייתה רצופה גם כן פרעות ועלילות כנגד היהודים, בשנת 1903 פרצו פרעות קישינב בעקבות תעמולה והסתה שהובלו על-ידי השלטונות. באותה שנה התפרסמו ברוסיה הפרוטוקולים של זקני ציון. בשנת 1904 פרצה מלחמה בין רוסיה ליפן והיהודים הואשמו בתבוסה של רוסיה. פרעות אלו השפיעו מאוד על הקהילה היהודית, כשני מיליון יהודים עזבו את רוסיה בין השנים 1881-1910. הרוב הגדול לארה"ב, חלק לארגנטינה, דרא"פ ואוסטרליה. באותה עת התנועה הציונית החלה לשגשג, הוקמה התנועה הציונית "חיבת ציון" בעיר קטוביץ' דרכה התארגנה העליה הראשונה. אמנם היהודים שבחרו לעלות לישראל היו מיעוט קטן לעומת שאר יהודי רוסיה, אך זה היה חידוש מהפכני שכן לפני כן לא הגיעו יהודים מרוסיה לישראל במטרה להקים מדינה.
בזמן המהפכה הרוסית ב 1917 נהרגו כ 100,000 יהודים על ידי הצבא הלבן שהאשים אותם בתמיכה בבולשביקים. בתוקף הסדרי מלחמת העולם הראשונה, הפכו רבים מאזרחי רוסיה היהודים לאזרחי פולין. בשנת 1918 ולדימיר איליץ' לנין ,מנהיגה החדש של רוסיה, הוציא את האנטישמיות מחוץ לחוק. בשנת 1922 לאחר סיום מלחמת האזרחים ברוסיה והתייצבות הממשל הקומוניסטי נוסדה ברית המועצות כאיחוד עם הרפובליקות הסובייטיות של עבר הקווקז, אוקראינה הסובייטית ובלארוס הסובייטית. למרות שהאנטישמיות הייתה מחוץ לחוק, סטלין שעלה לשלטון אחרי לנין ראה ביהדות איום על האתאיזם ובציונות איום על החזון הבינלאומי של המהפכה והחל לרדוף אותם כחלק ממדיניות סובייטית אנטי דתית. מוסדות הקהילה היהודית פורקו, בתי כנסת נסגרו, רבנים נאסרו והפעילות היהודית נאלצה לרדת למחתרת. אחד הלוחמים המרכזיים לשימור היהדות בברית המועצות הרב יוסף יצחק שניאורסון, האדמו"ר השישי בשושלת חב"ד נאסר. הוא שוחרר בעקבות לחץ בינלאומי ועזב את ברית המועצות לקראת סוף 1927. השלטונות הטילו הגבלות גם על התנועה הציונית, רבים מפעילי התנועה הציונית נאסרו ונשלחו לעבודות כפייה במחנות בסיביר. במצב של רדיפת הדת ובהיעדר מוסדות חינוך וקהילה התקשו יהודי הקהילה לשמור על מנהגי המסורת ועל הקשר עם יהודי התפוצות והיישוב בארץ ישראל.
ערב מלחמת העולם השנייה ישבו בבריה"מ למעלה מ-3,000,000 יהודים. המספר גדל מאוד לאחר שרבים מיהודי פולין נמלטו אליה לאחר הכיבוש הגרמני. במהלך מלחמת העולם השנייה פלשה גרמניה לרוסיה במבצע ברברוסה. הנאצים ומשתפי פעולתם לקחו בשבי מיליוני יהודים משטחי ברית המועצות ורבים מהם נרצחו באכזריות על ידי האיינזצגרופן. ההשערה היא כי מחצית מהנספים בשואה נרצחו על אדמות ברית המועצות בכל רחבי מערב רוסיה, אוקראינה, בלארוס, מולדובה והבלטים. מאות אלפי יהודים גם נלחמו בשורות הצבא האדום, ו-161,000 מהם זכו באותות הצטיינות שונים.
לאחר סיום המלחמה היה חלון זמן שבו יצאו יהודים רבים משטחי ברית המועצות, חלקם לארץ ישראל, רובם לארצות הברית. ועם התפשטות הגוש הקומוניסטי נסגרו שוב השערים והיהודים בשטחי הגוש ולא הורשו לצאת ממנו. בשנות השבעים והשמונים ניהלו יהודים סובייטים מאבק הירואי על זכותם לצאת מברית המועצות. בשנת 1989 נפתחו השערים והחלה עלייה גדולה לישראל שהביאה קרוב למליון עולים 32% מהם מרוסיה.
על פי נתוני הסוכנות היהודית, נכון לשנת 2005 מתגוררים ברוסיה כ 243,000 יהודים ומספרם של יהודים יוצאי מדינות חבר העמים במדינות שונות בעולם נאמד על כמיליון שש מאות אלף איש.
