פרשת דרייפוס, בשנת 1894, סימלה את הפער שבין השתלבות מלאה של היהודים בחיי האומה הצרפתית, לבין האנטישמיות העמוקה שהייתה קיימת בה. אלפרד דרייפוס, קצין יהודי בדרגת סרן, הואשם בריגול לטובת גרמניה. הוא הועמד לדין בבית משפט צבאי, למרות שלא היו ראיות ממשיות נגדו ונמצא אשם בבגידה. הוא נידון למאסר באי השדים לכל חייו, דרגותיו הצבאיות נשללו ממנו בטקס פומבי משפיל, בעוד קהל הצופים צועק "מוות ליהודים". לאחר הרשעתו וכליאתו של דרייפוס ניסו רבים להוכיח את חפותו. בין הנאבקים לטיהור שמו היו הסופר והפובליציסט הנודע- אמיל זולא.
בתחילת המאה ה-20 טוהר שמו של דרייפוס והוא זוכה מכל אשמה. הזיכוי הביא להכרה חלקית של החברה הצרפתית והממסד בעוול שנגרם ליהודים בעקבות המשפט. יהודים רבים החלו להגר לצרפת ממזרח וממרכז אירופה ומאגן הים התיכון.
ערב מלחמת העולם השנייה היו בצרפת כ-300,000 יהודים, שני שליש מהם בפריז. רק מחצית מהיהודים היו מצרפת במקור והמחצית השנייה היו יהודים שהיגרו אליה. עם כיבושה של צרפת בידי הגרמנים במאי 1940 חולקה צרפת לשני חלקים: האזור הצפון-מערבי היה תחת כיבוש גרמני, והאזור הדרום-מזרחי תפקד כמדינה "ריבונית" – ונקרא צרפת של וישי, בת ברית לגרמנים. כ-76,000 מיהודי צרפת (כרבע מיהודי המדינה) נשלחו למחנות ההשמדה. מתוכם שרדו כ-2500 בלבד. כ-23,000 יהודים מתוך אלו שנשלחו להשמדה היו בעלי אזרחות צרפתית.
לאחר המלחמה היגרו אל צרפת יהודים במספרים גדולים. מיד לאחר המלחמה התיישבו בה פליטים ממזרח אירופה ומרכזה. עם הרעת מצב היהודים במצרים בשנות ה-50 הגיעו לצרפת הגיעו כ-19,000 יהודים. סיום הקולוניאליזם הצרפתי בצפון אפריקה הביא להגירה המונית של כ-400,000 יהודים מתוניסיה אלג'יריה ומרוקו. בכך הפכו יהודי צפון אפריקה לרוב בקהילה היהודית בצרפת.
בראשית המאה ה-21 בעקבות האינתיפאדה השנייה חלה עלייה בתקריות האנטישמיות כנגד יהודים בצרפת. התנכלויות אלו הובילו לגלי הגירה של יהודי צרפת. חלקם פנו למדינות כמו קנדה, ארה"ב ואנגליה וחלק גדול עלה לישראל. נכון ל-2015 חיים בישראל כ-210,000 יהודים ממוצא צרפתי. כיום חיים בצרפת כ 400,000 יהודים. לרוב הקהילה זיקה חזקה לישראל וליהדות.
