מאמצע המאה ה 12 ועד לשנת 1269 שלטה במרוקו שושלת אל-מוואחידון שהייתה מוסלמית קנאית. אל-מוואחידון שאפו לאסלם את כל המיעוטים תחת שלטונם. על מי שלא התאסלם נגזר גזר דין מוות ומי שכן התאסלם סבל מאפליה. במהלך מסעות הכיבושים של אל-מוואחידון נהרגו אלפי יהודים, רבים מתו על קידוש השם, חלק התאסלמו כלפי חוץ בלבד, חלק התאסלמו וחלק ברחו לארצות אחרות. הרמב"ם פרסם את איגרת השמד כדי להנחות את האנוסים כיצד לנהוג. האבן עזרא חיבר קינה על חורבן קהילות ספרד וצפון אפריקה על ידי האל-מוואחידון.
ב- 1269 עלה לשלטון מייסד השושלת המרינית, אבו יוסף יעקוב ובוטלו הגזרות על היהודים. המרינים פיתחו את מרוקו ובמיוחד את פאס והיהודים לקחו חלק בתהליך השגשוג. עם היחלשות השושלת המרינית הורע מצבם של היהודים ובשנת 1437 התרחשו שוב פרעות ביהודי פאס. בעקבות הפרעות נבנה המלאח הראשון, רובע מסוגר עבור היהודים, בהמשך הוקמו רבעים דומים בערים נוספות והיהודים חויבו לגור רק במלאחים. בשנת 1465 במהלך מרד נגד השושלת המרינית התבצע טבח ביהודי פאס שהותיר יהודים בודדים בחיים מתוך קהילה של אלפים. פרעות דומות התבצעו באותה שנה בקהילות נוספות ברחבי מרוקו.
בעקבות גירוש ספרד ופורטוגל הגיע גל חדש של יהודים למרוקו. המסע שלהם היה רווי קשיים אך הם התיישבו עד מהרה בערי הנמל ובפנים הארץ. בין 20,000-40,000 יהודים הגיעו מחצי האי האיברי למרוקו. נוצרו במרוקו שתי קהילות יהודיות: "התושבים" יהודי מרוקו שהתגוררו שם במשך דורות ו"המגורשים". המגורשים נתקלו בשאלות הלכתיות רבות, חלקן התעוררו בעקבות ההבדלים ההלכתיים שהיו בינם לבין יהודי מרוקו, וחלקן בעקבות גירוש ספרד. בעקבות זאת חובר ספר התקנות של פאס שהפך עם הזמן לקודקס ההלכתי של יהודי מרוקו וגישר בין "התושבים" ל"מגורשים". עם הזמן היטשטשו הגבולות והקהילות השתלבו אחת עם השנייה.
מאמצע המאה ה-16 שלטה במרוקו השושלת הסעדית שהתייחסה ליהודים באופן חיובי. יהודים מונו לתפקידים רמי מעלה בממשל ובדיפלומטיה, ביניהם השגריר היהודי דון שמואל פאלאג'י שתיווך בהסכם השלום בין מרוקו להולנד. יהדות מרוקו הייתה מחוברת ליהדות התפוצות, שאלות הלכתיות הגיעו אל רבני מרוקו מקהילות אחרות בצפון אפריקה ולעתים אף מאירופה.
בתחילת המאה ה-17 נוסדה במרוקו השושלת העלאווית. היחס ליהודים בתקופת שלטונם לא היה עקבי והשתנה לפי הסולטן של אותה תקופה. תחת חלק מהמנהיגים התרחשו פרעות ביהודים והם ידעו תקופות של רדיפות וסבל.
במאה ה-19 החל זרם מואץ של עלייה לארץ ישראל, במיוחד של רבנים חשובים ומשפחותיהם. בשנת 1912 נכבשה מרוקו על-ידי צרפת והפכה למדינת חסות שלה. למרות שהיהודים בה לא קיבלו זכויות והגנה כפי שזכו היהודים באלג'יריה ותוניסיה, חל שיפור לטובה במצב היהודים. משנה זו ועד לשנת 1948 השתלבו היהודים בחיי המדינה ואף בפוליטיקה המקומית. הצרפתית הפכה לשפה שניה במרוקו ובקרב היהודים במיוחד. חלקים ניכרים מבני המעמד הבינוני והגבוה היהודיים הזדהו עם השלטון הצרפתי ואימצו את התרבות הצרפתית. עיתונים יהודים בצרפתית יצאו לאור, סטודנטים יהודים ממרוקו יצאו ללמוד באוניברסיטאות בצרפת וספרד, ויהודים החלו לגור בשכונות האירופאיות מחוץ למלאח.
